Ao tratar sobre a depressão, alguns sintomas depressivos como: tristeza, sensação de culpa, baixa autoestima, desesperança, ideias suicidas podem ser confundidas com os sintomas negativos da esquizofrenia, o que pode levar o paciente e sua família a acreditarem que se trata de um caso de depressão, principalmente no início da doença.
É preciso muita cautela e conhecimento para fazer o diagnóstico diferencial, já que, sintomas depressivos são comuns no início de um episódio psicótico de esquizofrenia, onde 40 e 50% dos pacientes em episódio psicótico apresentam sintomas depressivos em comorbidade.
Outro fator de confusão são os sintomas psicóticos durante um episódio depressivo, que podem distorcer o diagnóstico para um quadro de esquizofrenia. Pacientes gravemente deprimidos podem apresentar pensamento delirante, como por exemplo: ruína e até alucinações.